Del 97 al 2000, logros verdolagas:

Interamericana 1997.
tras la negativa del Gremio de Porto Alegre (campeón de la libertadores de 1995 frente a nacional), el equipo verde accedió a jugar la final de este certamen contra el Saprisa de Costa Rica el 3 de abril de 1997.

Merconorte 1998
contra el deportivo Cali, nacional gana el 9 de diciembre de 1998 la copa Merconorte.

Campeón 1999
contra el América de Cali, en una vibrante definición por penales, gana 4-2.

Merconorte 2000
el 9 de noviembre de 2000, nacional se corona frente a millonarios como campeón de la copa Merconorte por segunda vez en la historia.